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及选举事宜进行了长达一周的磋商探讨。就在蔡元培和请愿学生快要失去耐心的时候，他向教育部提交了包括《中央学会章程》、《中央学会会员互选细则》、《中央学会参议员选举办法》在内的一系列文件。
在这些文件中，孙元起首先将中央学会定义为虚体的学术机构，下面分为两个实体的学部：自然科学与工程技术学部，即现在的中国科学技术学会;以及即将组建的人文科学和社会科学学部，成立后正式名称将为中国社会科学学会。
从机构设置来看，每个学部都下辖一系列专门的学会。就拿人文科学和社会科学学部中国社会科学学会来说，下面就有中国会、中国哲学会、中国史学会、中国经济学、中国语言学会等名目。
而从机构隶属角度来说，中央学会对应各省学会，中央学会各学部则对应各省学会的学部，中央学会的各个专门学会又对应各省学会的各个专门学会。
由此，入会的会员也被分为三类：由各省专业学会互选产生的普通会员;由全国性专业学会的所有普通会员互选产生的高级会员;由中央学会会长、副会长提名通过，或外国学者对中国学术有特别贡献者，称为荣誉会员。
至于会员互选，孙元起有惩于之前学生对于《中央学会法》的质疑，先是对具有互选资格的人群做出了专门的界定。比如所谓的“大学、高等专门学校”，就是中学毕业后或具有中学毕业程度的学生经过考试选拔才能入学，实施学科教育并授予特定学位的高等教育机关;所谓的“大学、高等专门学校三年以上毕业生”，就是在大学、高等专门学校接受专业课程教学三个学年以上，所有科目考核合格，取得毕业证文凭的学生。界定之严密、解释之古板、条款之苛刻，简直令人发指。
孙元起还唯恐不够精密，又组织经世大学教育学系师生对中国1898年出现高等教育以来所有资料进行搜集整理，详细列举了全国所有施行高等教育的学校名称以及起止年限、专业名称;对外国大学及高等专门学校也进行了罗列，明文规定各国特为中国留学生设立的速成专科部毕业生不在此例。就拿蔡元培舞弊的浙江省立两级师范学校来说，名单中就明确指出该校只有1908年至1912年优级师范科的毕业生才具有互选条件。
为防止因学校资料缺失而导致的人员遗漏，孙元起又特别要求，目前各省应就名单规定的合格人士迅速展开普通会员选举，以便在规定时间内选举出参加国会的参议员。至于其他不在名单的学生，可以以信件的形式向教育部反应，中央学会也会为他们单独留出1个参议员名额，等待时机合适再另行补入，以免因为一部分人而累计全体选举。规定颁布之后，如果再有学生寻衅滋事，借故抗议请愿，阻挠选举进行，第一次当课以100块银元的罚款;第二次将课以500块银元的罚款;第三次则处于一个月的拘役，并剥夺五年之内的选举权和被选举权，绝不姑息。
孙元起在随文件送给蔡元培的信中也申明，如果临时参议院、内阁同意自己的意见，那么自己会接受相关职务任命，暂时负责中央学会的会员互选与参议员选举;如果不同意，那不好意思，孙某能力有限，你们还是另请高明吧！
估计临时参议院、内阁也是没有别的高招，很快便顺水推舟地同意了孙元起提交的所有文件。随后，这些文件在《政经日报》、《申报》、《民立报》、《民权报》以及中华广播等媒体上以政府公告形式连续刊登，位于经世大学旁边的中国科学技术学会也挂出了“中央学会”“中央学会自然科学与工程技术学部”“中央学会会员评选委员会”“中央学会参议院选举委员会”等牌匾，标志着中央学会正式成立。
不知是因为孙元起的人格魅力，还是有关处罚规定过于严苛，公告颁布数日之内然无人提出反对意见。而近水楼台的经世大学作为中国在校师生人数最多的高等学府，在这几天内已经先后有上千人在选举事务所登记审查，几乎占据了全国登记总人数的九成！
真正会员选举的时候，该不会是经世大学一家独大吧？孙元起不仅忧虑：尽管经世大学在中国科学界确实是一枝独秀，在中央学会中占据大半壁江山也在情理之中。但自己执掌中央学会选举大权，如果现在的7个参议员名额中，经世大学学生独占67人，恐怕难免为人所诟病吧？
就在这时，门人突然来报：“大人，京师法律学堂王锡銮请见！”RS